محدودیت‌های تجارت الکترونیکی را می‌توان به دودسته تکنولوژی و غیرتکنولوژیکی دسته‌بندی کرد.
بر اساس تحقیقات صورت گرفته توسط ، ده مانع اصلی تجارت الکترونیکی در ایالات‌متحده به ترتیب کاهش امنیت عبارت‌اند از:
امنیت، اعتماد و ریسک، عدم وجود کارکنان واجد شرایط، عدم وجود مدل‌های کسب‌وکار مناسب، فرهنگ، تعیین مجوز کاربران و عدم وجود زیرساخت عمومی مناسب، سازمان‌دهی، کلاه‌برداری، پیمایش کند در اینترنت و مسائل حقوقی، در تجارت الکترونیکی از دیدگاه جهانی موانعی همچون فرهنگ، سازمان‌دهی، رابط‌هایB2B، موانع کسب‌وکار بین‌المللی و عدم وجود استاندارهای مناسب در بالای این فهرست قرار می‌گیرند.
علی‌رغم این محدودیت‌ها، تجارت الکترونیکی به‌سرعت رو به گسترش است. برای مثال تعداد افرادی که در ایالات متحده سهام را به صورت الکترونیکی خرید وفروش می‌کنند از سیصد هزار نفر در ابتدای سال 1996 به بیش از بیست وپنج میلیون نفر در بهار 2002 رسیده است. در کره در حدود شصت درصد از کل معاملات بازار بورس در تابستان 2004 از طریق اینترنت صورت گرفته است (در مقایسه با دو درصد در سال 1998) بر اساس نتایج تحقیقات IDC Reserch (2000) تعداد مشتریانی که حق دلالی online می‌گیرند در سال 2004 در کل دنیا به 3/122 میلیون نفر رسیده است که همین تعداد در سال 2002 برابر با 7/76 میلیون نفر بوده است، هرچه تجربیات بیشتر و فناوری غنی‌ترمی‌شود، نسبت هزینه- فایده تجارت الکترونیکی نیز افزایش‌یافته و درنتیجه کاربری آن افزایش می‌یابد.
محدودیت‌های تجارت الکترونیکی
محدودیت‌های تکنولوژیکی
فقدان استانداردهای جهانی برای تعیین کیفیت، امنیت و اعتماد
پهنای باند موجود برای ارتباطات سیار به‌خصوص برای تجارت سیار کافی نیست.
ابزارهای ساخت نرم‌افزار هنوز در حال رشد و تکامل بیشتر هستند.
یکپارچه‌سازی اینترنت و نرم‌افزار تجارت الکترونیکی با برخی از برنامه‌های کاربردی و پایگاه‌های داده موجود بسیار مشکل است.
علاوه بر سرورهای شبکه به سرورهای خاص وب نیز نیاز است که باعث افزایش هزینه‌های تجارت الکترونیکی می‌شوند.
دسترسی به اینترنت هنوز گران و یا ناکارآمد است.
سفارش گیری به مقیاس بالا در مدل B2C نیاز به انبارهای خاص و خودکار سازی شده دارد.
محدودیت‌های غیر تکنولوژیکی
نگرانی‌های امنیتی در مورد اطلاعات محرمانه باعث می‌شود تا مشتریان از خرید صرف‌نظر کنند.
عدم اطمینان به تجارت الکترونیکی و فروشندگان ناآشنا مانع از خرید می‌شود.
مسائل حقوقی و دولتی فراوانی ازجمله پرداخت مالیات هنوز به‌طور کامل حل‌نشده است.
قوانین دولتی ملی و بین‌المللی گاهی اوقات تداخل ایجاد می‌کنند.
برخی از مزایای تجارت الکترونیکی مثلاً درزمینهتبلیغات هنوز شناخته‌نشده است.
برخی مشتریان ترجیح می‌دهند محصول موردنظر خود را از نزدیک دیده و آن را لمس کنند. ضمناً مشتریانی هستند که راضی کردن آن‌ها به خرید از فروشگاه‌های مجازی به‌جای فروشگاه‌های فیزیکی دشوار است.
هنوز افرادی هستند که به انجام معامله‌ای که روی کاغذ نوشته نشود اعتماد ندارند.
در بسیاری موارد تعداد فروشندگان و خریدارانی که برای یک معامله سودآور تجارت الکترونیکی نیاز است کافی نمی‌باشند.
کلاه‌برداریonline رو به افزایش است.
به دلیل شکست سایت‌های متعدد نمی‌توان به‌راحتی اعتماد مشتریان را جلب کرد.